Multilocus sequence typing analysis of Italian Xanthomonas campestris pv. campestris strains suggests the evolution of local endemic populations of the pathogen and does not correlate with race distribution

Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) is the causal agent of black rot in Brassicaceae. It is widespread in Italy and severe outbreaks occur under conditions that favour disease development. In this study a multilocus sequence typing approach (MLST) based on the partial sequence of seven loci was applied to a selection of strains representative of the main areas of cultivation and hosts. The aim was to investigate whether the long tradition of brassica crops in Italy has influenced the evolution of different Xcc populations. All loci were polymorphic; 14 allelic profiles were identified of which 13 were unique to Italian strains. Based on the seven loci, the most common genotype within the Italian Xcc strains (AP1) was also the most representative genotype found in worldwide Xcc strains. This genotype was included in a new clonal complex in addition to three other clonal complexes already identified in Xcc populations. The phylogenetic reconstruction using a concatenated dataset of four conserved protein-coding genes, dnaK, fuyA, gyrB and rpoD, showed that the Italian strains belonged to two genetic groups. Physiological races were also investigated for the first time in Italy. The race structure of Xcc was determined by inoculating eight differential Brassica lines belonging to five species and showed that, in Italy, race 4 is the most widespread, followed by races 1 and 6. No correlation was found between allelic profiles, host of isolation, geographical origin and races, although a prevalent race was identified within the same clonal complex.     

基于SSR标记的贵州野生白三叶遗传多样性分析

采用SSR分子标记技术,对贵州22份野生白三叶(Trifolium repens)样品遗传多样性及亲缘关系进行了研究.结果表明,利用20对SSR引物共扩增出202条带,其中169条带具有多态性,多态性位点达83％;根据SSR标记的多态性计算不同采样地野生白三叶样品之间的遗传距离(GD),22份样品之间遗传距离介于0.140 6～0.630 4之间,说明样品间遗传差异较大;聚类分析结果,当相似系数为0.64时,22份白三叶被分成3类:第1类只有W14,表明W14与其余材料的亲缘关系较远;第2类包括W2、W4、W8、W18居群,表明这4个居群相似性较大,遗传距离较近;第3类包括17个居群,居群间有着复杂的遗传关系.研究结果表明,22份贵州野生白三叶的遗传多样性十分丰富.     

24份枸杞种质资源SSR遗传多样性分析

枸杞是药食同源的植物,具有重要的药用价值和经济价值,枸杞遗传背景复杂,对其种质资源遗传变异和种质资源的遗传背的研究还不充分。本研究对24个枸杞种质资源采用SSR分子标记进行了遗传多样性。在17对SSR引物上共检测到96个条带,其中有59条多态性条带,多态性条带比率为61.5%。每个SSR位点的PIC值为0.37~0.60,平均值为0.45。NTSYS类平均法聚类结果显示,24份枸杞供试品种遗传相似性系数介于0.263?0.954之间,在相似系数0.56处被分为9大类群。这将为进一步开展枸杞种质资源评价、新品种选育和合理利用提供科学院依据。     

云南传统水稻品种W axy基因多样性形成和维持机制初探

本研究针对W axy基因第四外显子和第五外显子的3个功能位点开发了新的AS-PCR标记，完善了W axy基因的分子标记体系，为更精确的鉴定和筛选目标W axy等位基因提供了工具。直链淀粉含量测定和AS-PCR分析结果显示，云南传统水稻品种具有极为丰富的W axy基因多样性和直链淀粉含量变异，308个传统品种中共检测到65种不同的W axy单倍型，直链淀粉含量变幅为0~48%。In1、E6、E10和E4op/hp这4个位点的碱基频率在四大稻区间存在显著差异，E2位点和In1位点的碱基频率在不同民族间存在显著差异，表明不同稻作区、不同民族对水稻直链淀粉含量和W axy基因有着多样化的选择。同时民族混居地区E2和In1位点的碱基频率不同于其相应的民族独居地区，说明不同民族混居也会产生对W axy基因不同的选择并增加W axy基因的多样性。多样化的选择和民族混居是云南传统水稻品种W axy基因多样性形成和维持的重要机制。在云南四大稻作区中，南部边缘水陆稻区的W axy单倍型最为丰富，共检测到50种单倍型，占总数的77%，这一区域应被设为云南传统稻种资源的保护优先区和核心区。     

廊道景观边缘效应研究

运用景观生态学原理,依据绿色廊道的生态功能,对长沙市廊道景观边缘和内部的主要植物种类及其重要值进行了调查和分析。结果表明:在同一条件下,廊道景观边缘植物种类多于内部植物种类。这可为长沙市廊道景观的生态建设提供参考依据。     

胡椒EST-SSR标记的开发和应用

通过分析NCBI数据库中胡椒转录组数据,共得到unigene 23 524条,其中618条unigene中检测到643个EST-SSR位点,SSR发生频率为2.63%,平均分布距离为12.86 kb。在643个EST-SSR中,二、三核苷酸重复是主要重复类型,分别占27.84%和69.36%,其中(AG/CT)n、(AAG/CTT)n出现频率最高,(NNN/NNN)5类型占EST-SSR位点的42.90%。利用PRIMER3.0设计358对引物,随机合成45对引物,并选用其中11对扩增较好的多态性引物,对43份胡椒种质的遗传多样性进行初步检测,构建聚类分析树状图。结果说明,胡椒EST-SSR标记的开发是可行的,并能够有效的用于胡椒遗传分析研究,具有较高的应用价值。     

白三叶返园对苹果园土壤微生物群落的影响

为了解苹果(Malus pumila)园中覆盖和埋置白三叶(Trifolium repens)对土壤微生物群落的影响,采用尼龙袋法将新鲜的白三叶覆盖和埋置到苹果园中,分别在白三叶降解1、3、6个月时,利用Biolog微平板法检测土壤微生物群落的功能多样性。结果表明,覆盖和埋置白三叶均可使苹果园土壤微生物代谢活性显著提高(P0.05),微生物的多样性除6个月外显著增加、丰富度显著增加,均匀度显著降低(P0.05),群落结构发生变化,且覆草处理大于埋草,同时,白三叶降解时间的长短也影响土壤微生物群落。土壤微生物群落主成分分析结果显示,不同返园方式间主要对羧酸类碳源的利用有差异,而导致不同降解时间土壤微生物群落代谢差异的主要是糖类。说明在苹果园覆盖和埋置白三叶可改变土壤微生物群落,而覆盖白三叶对微生物群落结构的改善情况显著优于埋置白三叶。     

吉林蛟河近熟林树种多样性格局组建机制研究

植物种在群落多样性格局组建过程中所起的作用一直是生态学重点关注的问题。2010 年在吉林蛟河建立面 积为21.12 hm2 的近熟林监测样地,样地中记录到DBH 1 cm 木本植物32 405 株, 共计50 种木本植物。利用单物 种-面积关系模型分析了样地内30 种木本植物对局域群落多样性格局的影响,利用完全空间随机化模拟计算植物 对局域多样性促进或抑制的显著性程度。研究结果表明:1)由于ISAR 模型没有考虑竞争的非对称性,在相同取样 面积下,同一树种的mISAR 值普遍低于ISAR 值。不同树种的mISAR 曲线更加分散、区分度更为明显,且具有明显 的尺度依赖性。2)在0 ~50 m 空间尺度上,簇毛槭、黑樱桃、翅卫矛、稠李、大果榆、花楷槭、毛榛和青楷槭为多样性 促进种;水榆为中性种;红松、色木槭、胡桃楸在绝大多数空间尺度上表现为抑制种;其余树种绝大多数在小尺度上 表现为促进种。3)在中小尺度上,促进种决定了局域群落多样性格局组建; 在较大尺度上,促进种和中性种共同作 用于群落多样性格局的组建,并且随机过程的影响相对更强。因此,促进种和抑制种所代表的确定性过程与中性 种所代表的随机过程共同作用于森林群落多样性格局构建过程, 并且二者起作用的空间尺度不同。      

成都市典型农家乐植物组成特征研究

本文在成都市北湖公园、农科村、三圣乡选取了60个成都市典型农家乐,对植物群落进行了调查和分析。结果表明:成都市典型农家乐植物群落中应用的乔木种类有56种,灌木种类83种,草本种类有118种,共计257种,分属91科184属。在植物种类组成方面,成都北湖公园的乔木种类所占比例最高,达到22.39%;郫县农科村的灌木种类所占的比例是最高的,达到36.55%;而三圣乡"五朵金花"的草本种类所占的比例最高,达到47.92%。农科村主要树木的平均胸径为13.32±9.07?,平均高度为5.53±2.49 m,在3个地方中均为最高。群落外貌方面,三圣乡"五朵金花"和郫县农科村农家乐以常绿阔叶和落叶阔叶的混交林为主,针叶林少。成都北湖公园则以常绿阔叶为主,落叶和针叶林少。60个农家乐平均配置乔木5.1±2.47(N=60)种,平均配置灌木8.77±3.41(N=60)种,平均拥有草本11.83±6.75(N=60)种,超过50%的植物种类为三地或两地共有,植物配置呈现明显的相似性。